原則として労働基準監督署から事前に日時や必要な帳簿・書類などを指定されますが、書類の改ざんのおそれがある場合には、抜き打ちで行われることもあります。

　また『申告監督』である場合、厳しく調査されることになります。また、申告を行った従業員への不利益な取り扱いをした場合には、刑事罰（6ヶ月以下の懲役又は30万円以下の罰金）が規定されています。

　いずれにせよ、法令違反を行っている状態で調査が行われた場合、誠実・迅速に対処しなければ…最悪の場合は刑事罰が課せられることになります。